После того, как «Выжигатель мозгов» был отключен и проход к центру Зоны оказался открыт, правительство решает провести крупномасштабную военную операцию под кодовым названием «Фарватер». Целью операции является взятие ЧАЭС под контроль военных. Первая группа военных была направлена для воздушной разведки территории и составления детальных планов расположения аномальных полей. Это должно было позволить впоследствии продвигаться по безопасным маршрутам основным группам военных.
Однако план проваливается — большинство вертолётов разведки оказывается уничтожено. Для того, чтобы узнать причину такого фиаско, Служба безопасности Украины направляет своего агента, бывшего сталкера, майора Александра Дегтярева в центр Зоны. Первостепенной задачей Дегтярева является поиск пяти пропавших вертолётов, в каждом из которых содержится часть некой важной информации.
После отключения «Выжигателя мозгов» группы сталкеры начали подходить к центру Зоны. На местности под названием «Затон» и в окрестностях завода «Юпитер» начали образовываться отряды вольных сталкеров и бандитов. Из группировок «Долг» и «Свобода» также пришли на эти земли самые отчаянные их представители, война между ними продолжилась.